電泳槽是凝膠電泳系統的核心分，其系統的迅猛發展主要也是體現在電泳槽上。根據電泳的原理，凝膠都是放在兩個緩沖腔之間，電場通過凝膠連接兩個緩沖腔。

電泳槽分類

1. 圓盤電泳槽:有上，下兩個電泳槽和帶有鉑金電的蓋。上槽中具有若干孔，孔不用時，用硅橡皮塞塞住.要用的孔配以可插電泳管(玻璃管)的硅橡皮塞。電泳管的內徑早期為5~7mm，為保證冷卻和微量化，現在則越來越細。
2. 垂直板電泳槽:垂直板電泳槽的基本原理和結構與圓盤電泳槽基本相同。差別只在于制膠和電泳不在電泳管中，而是在兩塊垂直放置的平行玻璃板中間。
3. 水平電泳槽:水平電泳槽的形狀各異，但結構大致相同。般包括電泳槽基座，冷卻板和電。